Hintergrund

In den letzten Jahren wurden in der EU Anteile gentechnisch veränderter Reislinien in Lebensmitteln oder Futtermitteln gefunden, die keine Zulassung nach der Verordnung (EG) Nr. 1829/2003 hatten. Nicht zugelassene aber bekannte gentechnisch veränderte Organismen (GVO) sind häufig mittels PCR-Methoden spezifisch nachweisbar und somit bei Lebensmittelkontrollen identifizierbar. Daneben werden aber auch GVO gefunden, deren gentechnische Veränderung nicht genau bekannt ist. Sowohl für die Entwicklung eines Nachweisverfahrens als auch für eine eventuell erforderliche Risikobewertung ist es von großem Interesse, im Bedarfsfall eine molekulare Charakterisierung solcher GVO durchführen zu können.

Bisher wurde häufig das so genannte „chromosome walking“ als Methode genutzt, um genauere Informationen über die vollständige gentechnische Veränderung eines GVO zu erhalten. Jedoch stößt diese Methodik an ihre Grenzen, wenn in dem GVO die neu kombinierte DNA-Sequenz an mehreren Stellen im Genom integriert oder während der Integration in das Genom umstrukturiert wurde.

In den letzten Jahren haben sich neue DNA-Entschlüsselungstechniken etabliert, die als next-generation Sequenzierung (NGS) bezeichnet werden. Sie bieten die Möglichkeit, das Erbgut eines Organismus in vergleichsweise kurzer Zeit vollständig zu bestimmen, so dass auch die molekulare Charakterisierung von Mehrfachintegrationen oder Umstrukturierungen einer gentechnischen Veränderung möglich sein sollte. In der vorliegenden Publikation zeigen die Autoren des Artikels in einer Pilotstudie am Beispiel der gentechnisch veränderten Reislinie LLRice62 eine Strategie, wie NGS genutzt werden kann, um die Erbinformation eines dem Untersuchungslabor nicht bekannten GVO zu entschlüsseln.

Im Zuge der Untersuchungen wurde eine neue bioinformatische Strategie entwickelt, um die vollständige DNA-Sequenz der gentechnischen Veränderung und ihres Integrationsorts im Genom zu bestimmen. Als Ergebnis der Pilotstudie konnte die gesamte Insertionssequenz der Reislinie LLRice62 vollständig und fehlerfrei ermittelt werden.

Ausgabejahr 2013
Datum 28.10.2013